Bisher ist mir nur bekannt, dass es mit speziellen LS17 Bäumen auf der Geiselsberg zu Problemen kommen kann. Siehe hier im Giants Forum. In wieweit die Bäume bei der neuesten Version auf der Map gewechselt wurden, entzieht sich meiner Kenntnis, da ich die Map nicht selbst spiele.
Wenn die Bäume erst mal bei Seasons verschwinden (also in den Binärdateien aufgrund von Inkompatibilitäten rausgeworfen werden), dann tauchen sie natürlich später ohne Seasons auch nicht mehr auf.
Wenn ich mich richtig erinnere, sind u.a. die Änderungen an den auf der Map vorhandenen Bäumen (nicht die selbst gepflanzten) in der splitshapes.gmss gespeichert. Was Du versuchen könntest ist, deine Savegamedateien mal zu kopieren, und in dem zu ladenden Savegame diese Datei zu löschen oder von einem älteren Savegamebackup in das Savegame zu kopieren. Dann sollte diese neu erzeugt werden bzw. mit dem vorherigen Stand wiederhergestellt werden - damit sind aber dann auch alle selbst durchgeführten Änderungen, d.h. tatsächlich in der Zwischenzeit gefällte Bäume wieder da. Zumindest ging das auf diesem Weg im LS17...